ISOLASI
DNA DENGAN METODE KITCHEN PREPARATION
I.
Tujuan
1.
Melakukan isolasi DNA melalui metode kitchen preparation
2.
Mengetahui ujud/ profil DNA
II.
Landasan Teori
DNA
dapat diisolasi dari berbagai sel atau jaringan baik hewan, tumbuhan maupun
manusia. Isolasi DNA merupakan teknik awal dalam pemanfaatan DNA untuk berbagai
tujuan. Sebenarnya telah ada metode standar dalam mengisolasi DNA, misalnya
teknik atau metode yang dikemukakan oleh Sambrook (1989). Isolasi DNA dari sel
maupun jaringan eukariotik, misalnya dari jaringan tumbuhan maupun hewan
dilakukan melalui tahap penghancuran sel (lisis), penghilangan RNA dan protein
serta pemurnian DNA. isolasi DNA ini membutuhkan alat-alat canggih dan
bahan-bahan yang cukup mahal, misalnya EDTA ( Etilendiamin tetra asetat
) yang berfungsi sebagai merusak sel dengan cara mengikat ion Magnesium yang
berfungsi mempertahankan integritas sel, SDS ( Sodium dodesil sulfat ) yang
dapat melarutkan membrane sel, mendenaturasi protein, enzim proteinase K yang
mendegradasi protein, RNAse mendegradasi RNA serta NaCl dan chloroform untuk
memurnikan DNA.
Modifikasi
teknik isolasi DNA telah dilakukan pada beberapa laboratorium, misalnya pada takaran
bahan-bahan yang digunakan atau penguraian/ penggantian jenis bahan yang
digunakan sesuai denga sel/ jaringan sumber DNA. Teknik/ metode isolasi DNA
yang sangat sederhana adalah metode Kitchen Preparation. Metode isolasi
ini memanfaatkan bahan-bahan yang biasanya digunakan ibu rumah tangga yaitu
sabun cuci (cair, bubuk atau krim) untuk menggantikan bahan utama yang
berfungsi untuk melisis sel, ekstrak buah nanas sebagai sumber enzim protease
serta garam dapur.
Isolasi
DNA metode Kitchen Preparation menggunakan detergen sebagai alternative
pengganti EDTA dan SDS, garam dapur sebagai pengganti NaCl analitik dan jus
nanas sebagai pengganti enzim protease. Sedangkan bahan yang akan dilihat DNA
nya adalah strowberi, hal ini dikarenakan strowberi mudah dihancurkan. Selain
itu, strowberi matang menghasilkan enzim pectinase dan selulase yang membantu
memecah dinding sel. Strowberi yang umum dibudidayakan adalah octoploid dengan
delapan set genom. Hal ini sangat baik untuk menunjukkan ekstraksi DNA karena
memiliki delapan dari setiap jenis kromosom yang juga dikatakan bahwa strowberi
memiliki DNA yang berlimpah.
III.
Alat dan bahan
1.
3 Buah strowberi ( berbagaimacam buah )
2.
3 Kantong plastic/ 3 gelas plastik
4.
Garam
5.
Kertas saring
6.
Tabung reaksi
7.
20 ml etanol dingin (96 %) dimasukkan dalam freezer
8.
Pipet
9.
Gelas ukur
0.
corong kaca
11.
1 gelas kimia 250 ml
IV.
Cara kerja
1.
Menyiapkan larutan buffer dengan cara mengambil 10 ml sabun cair ditambah
dengan seujung sendok teh garam dapur lalu ditambah air sampai larutan menjadi
100 ml.
2.
Memasukkan 2-3 buah strowberi kedalam kantong plastic, kemudian menghancurkan
dengan cara menekan-nekan sampai homogen. Kantong plastic jangan sampai bocor.
3.
Mengekstraksi strowberi yang telah dihancurkan dengan saringan kemudian
memasukkan hasil ekstraksi tersebut kedalam tabung reksi.
4.
Menambahkan sedikit air sebagai pelarut sampai tinggi larutan 2 cm.
5.
Menambahkan sabun cair dan garam (buffer) kedalam tabung reaksi berisi larutan
ekstrak strowberi.
6.
Menghomogenkan larutan dengan cara mengocok tabung reaksi membentuk angka
delapan dengan menutup mulut labung reaksi selama 5 menit.
7.
Menambahkan etanol dingin yang baru dikeluarkan dari lemari pendingin kedalam
tabung reaksi melalui dinding tabung reaksi secara perlahan-lahan sampai
kira-kira sama dengan banyak larutan strowberi.
8.
Mengamati terbentuknya presipitat ( gumpalan putih diatas permukaan atas
larutan).
V. Hasil
Tahap kegiatan
|
Hasil pengamatan
|
Strowberi
dihancurkan
|
|
Mengektrasi
strowberi / buah
|
|
Menambah air
|
|
Menambah sabun
cair dan garam dapur(buffer)
|
|
Menghomogen
larutan
|
|
Menambahkan
etanol dingin
|
VI. Pembahasan
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
VII. Kesimpulan
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
VIII. Daftar pustaka
-
Doyle. J. J and Doyle J. L. 1990. Isolation of Plant DNA from Fresh
Tissue Focus. Moscow. 12 (1): 13.
-
Smbrook J, E. F. Fritcs and Manicitis, T. 1989. Molecular Kloning: A
Laboratory Manual. 2nd Edition. Old spring Harbor Laboratory
Press. USA.
-
Maftuchah. 2001. Strategi Pemanfaatan Penanda Molekuler dalam
Perkembangan Bidang Hortikultura. Makalah Pemanfaatan Penanda Molekuler
di Bidang Hortikultura. Plant reportesis 15 : 8- 15.
Tidak ada komentar:
Posting Komentar